チュートリアル

• RMC 実行チュートリアル
  • 1. 概要
  • 2. 必要なファイル
  • 3. rmc_init.py
  • 4. rmc_dat.init()
  • 5. 実行
  • 6. ログディレクトリ
  • 7. Ctrl+C
  • 8. CONTINUE_NUMBERED_INIT
  • 9. 典型的な編集箇所
• VASP 実行チュートリアル
  • 1. 概要
  • 2. 必要なファイル
  • 3. rmc_vasp_init.py
    • KPOINTS
    • POTCAR
    • INCAR
  • 4. VaspIncar.init()
  • 5. 実行
  • 6. postprocess
  • 7. ログディレクトリ
  • 8. CONTINUE_NUMBERED_INIT
  • 9. 基本的な編集方針
• RMC-DFT 実行チュートリアル
  • 1. 基本動作
  • 2. 通し番号
  • 3. 通常開始
  • 4. restart
  • 5. 通常 init
  • 6. 番号付き init
  • 7. 番号付き init の継続
    • False
    • True
  • 8. init ファイルは動的に再読込される
  • 9. RMC init と VASP init
  • 10. RMCからVASPへの構造受け渡し
  • 11. VASPからRMCへの構造受け渡し
  • 12. 使い分け
• RMC-DFT 手動 sequence 実行チュートリアル
  • 1. sequence の目的
  • 2. 使用するファイル
  • 3. manual_sequence
  • 4. 通し番号との一致
  • 5. RMCを連続して実行する
  • 6. VASPを任意の位置へ入れる
  • 7. init ファイルは実行直前に読む
  • 8. continue_rmc_dft
    • False: sequenceだけ実行
    • True: sequence後に通常RMC-DFTへ移行
  • 9. CONTINUE_NUMBERED_INIT と sequence
  • 10. sequence中の動的変更
  • 11. 典型例: RMCを段階的に収束させてからDFT
  • 12. 典型例: sequence後に通常RMC-DFTへ戻す
  • 13. 通常 script との使い分け
• pypackmol (in RMC_DFT)
  • pacmol公式サイト
  • linux
  • for Mac
  • 公式packmolモジュール
  • 入力ファイル(packmol.inp)
  • rmc_dft.packmol.packmol.Packmol
  • rmc_dft.packmol.PackmolInp
• RMC_POT の TOP／ITP と FNC
• 1. RmcPotDatTop
  • 1.1 対応するTOPセクション
  • 1.2 ファイルの読み書き
  • 1.3 自動保存
  • 1.4 低水準の行・セクション操作
  • 1.5 includeと条件分岐
• 2. TOPの分子タイプと原子
  • 2.1 [ moleculetype ]
  • 2.2 [ atoms ]
    • SnI4のindex対応例
  • 2.3 仮想原子
• 3. TOPの相互作用
  • 3.1 [ pairs ]
  • 3.2 [ bonds ]
  • 3.3 [ angles ]
  • 3.4 周期型dihedral
  • 3.5 調和型dihedral
  • 3.6 Ryckaert–Bellemans dihedral
  • 3.7 明示的除外
• 4. 仮想サイト
  • 4.1 2原子から作る仮想サイト
  • 4.2 3原子から作る仮想サイト
  • 4.3 4原子から作る仮想サイト
• 5. [ system ]と[ molecules ]
• 6. 高水準TOP生成メソッド
  • 6.1 add_molecule_template()
    • first_instance_indicesとsecond_instance_indices
    • 一括追加できる内容
  • 6.2 validate_rmc_index_progression()
  • 6.3 add_explicit_network_molecule()
• 7. TOPの検証
• 8. RmcPotDatFnc
  • 8.1 FNCが保持する情報
  • 8.2 初期化
  • 8.3 ファイル操作
• 9. FNC距離制約タイプ
  • 9.1 1種類ずつ設定する
  • 9.2 複数種類を一括設定する
• 10. FNC原子ペアの操作
  • 10.1 相互ペアを1組追加する
  • 10.2 複数ペアを一括追加する
  • 10.3 一方向の近接だけを追加する
  • 10.4 1原子の近接リストを置き換える
  • 10.5 ペアを削除する
  • 10.6 1原子の全ペアを削除する
• 11. FNCテンプレート展開
  • 11.1 1インスタンスを展開する
  • 11.2 複数インスタンスを展開する
• 12. 完全グラフ型のFNC
• 13. FNCの検証と取得
  • 13.1 validate()
  • 13.2 ペア一覧を取得する
• 14. FNC作成の基本形
• 15. TOPとFNCの使い分け
• 16. 実装上の注意
  • TOP
  • FNC