rmc_dft
  • チュートリアル
    • RMC 実行チュートリアル
      • 1. 概要
      • 2. 必要なファイル
      • 3. rmc_init.py
      • 4. rmc_dat.init()
      • 5. 実行
      • 6. ログディレクトリ
      • 7. Ctrl+C
      • 8. CONTINUE_NUMBERED_INIT
      • 9. 典型的な編集箇所
    • VASP 実行チュートリアル
      • 1. 概要
      • 2. 必要なファイル
      • 3. rmc_vasp_init.py
        • KPOINTS
        • POTCAR
        • INCAR
      • 4. VaspIncar.init()
      • 5. 実行
      • 6. postprocess
      • 7. ログディレクトリ
      • 8. CONTINUE_NUMBERED_INIT
      • 9. 基本的な編集方針
    • RMC-DFT 実行チュートリアル
      • 1. 基本動作
      • 2. 通し番号
      • 3. 通常開始
      • 4. restart
      • 5. 通常 init
      • 6. 番号付き init
      • 7. 番号付き init の継続
        • False
        • True
      • 8. init ファイルは動的に再読込される
      • 9. RMC init と VASP init
      • 10. RMCからVASPへの構造受け渡し
      • 11. VASPからRMCへの構造受け渡し
      • 12. 使い分け
    • RMC-DFT 手動 sequence 実行チュートリアル
      • 1. sequence の目的
      • 2. 使用するファイル
      • 3. manual_sequence
      • 4. 通し番号との一致
      • 5. RMCを連続して実行する
      • 6. VASPを任意の位置へ入れる
      • 7. init ファイルは実行直前に読む
      • 8. continue_rmc_dft
        • False: sequenceだけ実行
        • True: sequence後に通常RMC-DFTへ移行
      • 9. CONTINUE_NUMBERED_INIT と sequence
      • 10. sequence中の動的変更
      • 11. 典型例: RMCを段階的に収束させてからDFT
      • 12. 典型例: sequence後に通常RMC-DFTへ戻す
      • 13. 通常 script との使い分け
    • pypackmol (in RMC_DFT)
      • pacmol公式サイト
      • linux
      • for Mac
      • 公式packmolモジュール
      • 入力ファイル(packmol.inp)
      • rmc_dft.packmol.packmol.Packmol
      • rmc_dft.packmol.PackmolInp
    • RMC_POT の TOP／ITP と FNC
    • 1. RmcPotDatTop
      • 1.1 対応するTOPセクション
      • 1.2 ファイルの読み書き
      • 1.3 自動保存
      • 1.4 低水準の行・セクション操作
      • 1.5 includeと条件分岐
    • 2. TOPの分子タイプと原子
      • 2.1 [ moleculetype ]
      • 2.2 [ atoms ]
        • SnI4のindex対応例
      • 2.3 仮想原子
    • 3. TOPの相互作用
      • 3.1 [ pairs ]
      • 3.2 [ bonds ]
      • 3.3 [ angles ]
      • 3.4 周期型dihedral
      • 3.5 調和型dihedral
      • 3.6 Ryckaert–Bellemans dihedral
      • 3.7 明示的除外
    • 4. 仮想サイト
      • 4.1 2原子から作る仮想サイト
      • 4.2 3原子から作る仮想サイト
      • 4.3 4原子から作る仮想サイト
    • 5. [ system ]と[ molecules ]
    • 6. 高水準TOP生成メソッド
      • 6.1 add_molecule_template()
        • first_instance_indicesとsecond_instance_indices
        • 一括追加できる内容
      • 6.2 validate_rmc_index_progression()
      • 6.3 add_explicit_network_molecule()
    • 7. TOPの検証
    • 8. RmcPotDatFnc
      • 8.1 FNCが保持する情報
      • 8.2 初期化
      • 8.3 ファイル操作
    • 9. FNC距離制約タイプ
      • 9.1 1種類ずつ設定する
      • 9.2 複数種類を一括設定する
    • 10. FNC原子ペアの操作
      • 10.1 相互ペアを1組追加する
      • 10.2 複数ペアを一括追加する
      • 10.3 一方向の近接だけを追加する
      • 10.4 1原子の近接リストを置き換える
      • 10.5 ペアを削除する
      • 10.6 1原子の全ペアを削除する
    • 11. FNCテンプレート展開
      • 11.1 1インスタンスを展開する
      • 11.2 複数インスタンスを展開する
    • 12. 完全グラフ型のFNC
    • 13. FNCの検証と取得
      • 13.1 validate()
      • 13.2 ペア一覧を取得する
    • 14. FNC作成の基本形
    • 15. TOPとFNCの使い分け
    • 16. 実装上の注意
      • TOP
      • FNC
  • rmc_dft
    • rmc_dft package
      • Subpackages
        • rmc_dft.rmc_pot package
        • rmc_dft.runners package
        • rmc_dft.util package
        • rmc_dft.vasp package
      • Submodules
      • rmc_dft.config module
      • rmc_dft.install module
      • rmc_dft.rmc_dft module
      • rmc_dft.rmc_pot_dat_top module
      • rmc_dft.util module
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        • rmc_dft.util.check_restart_rmc_vasp module
        • rmc_dft.util.check_restart_rmc_vasp_ module
        • rmc_dft.util.check_rmc_and_vasp module
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        • rmc_dft.util.logs_exist module
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