packmol_util

packmol_util は Packmol を用いてアモルファス初期構造を作成する Python ライブラリです。

組成、総原子数、密度、最小原子間距離の条件から、Packmol 入力の生成、実行、生成構造の POSCAR 形式への変換を行います。

目次

• 基本的な思想
  • Packmol より一段上の入力を扱う
  • 高レベル I/F と低レベル I/F
  • builder
  • packmol
  • packmol_inp
  • model
  • 組成比と総原子数
  • 密度からセルサイズを決める
• チュートリアル
  • 単原子 template から構造を作る
  • 数密度を指定する
  • 分子ユニットを配置する
  • 低レベル API
  • Packmol のインストール
  • Packmol 入力ファイルと低レベル API
  • 密度、組成比、総原子数
  • 構造レシピとテンプレート
  • 正四面体テンプレートと RMC_POT FNC
  • 出力ファイルと実装上の条件
  • 付属スクリプト・サンプルのインストール
• リファレンス
  • AmorphousBuilder
  • Packmol
  • PackmolInp
  • model
  • Config
  • param
  • API Reference
  • 公開 API の使用上の区別
  • 付属スクリプト・サンプルのインストール
• packmol_util
  • packmol_util package

付属スクリプト・サンプルのインストール

pip install packmol-util 後、ファイルを配置したい作業ディレクトリで以下を実行します。

packmol_util install scripts
packmol_util install example

前者はリポジトリの scripts/ 以下、後者は example/ 以下のファイルをコピーします。サブディレクトリ構造は維持されます。たとえば example/Li3PO4/non_builder/make_Li3PO4.py は ./Li3PO4/non_builder/make_Li3PO4.py になります。

既存の同名ファイルはデフォルトで上書きしません。上書きする場合は --force を指定します。

packmol_util install scripts --force
packmol_util install example --force

コピー先はカレントディレクトリです。無関係なファイルは削除しません。この機能は外部の Packmol 実行ファイルをインストールするものではありません。