索引

A

add_structure() (packmol_util.packmol_inp.PackmolInp のメソッド) add_template() (packmol_util.builder.AmorphousBuilder のメソッド)

AmorphousBuilder (packmol_util.builder のクラス) average_atomic_weight() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

B

build() (packmol_util.builder.AmorphousBuilder のメソッド)

C

cell_length_from_number_density() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド) center_vertex_distance (packmol_util.model.TetrahedralUnitFncSpec の属性) compute_cell_sizes() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

compute_element_counts() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド) Config (packmol_util.config のクラス) count_atoms_in_xyz() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

E

element_info (packmol_util.config.Config の属性)

F

fnc_distance_ranges (packmol_util.model.TetrahedralUnitFncSpec の属性)

fnc_pairs_in_template (packmol_util.model.TetrahedralUnitFncSpec の属性)

G

get_atomic_weight() (packmol_util.packmol.Packmol の静的メソッド)

get_unit_atom_count() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

I

install() (packmol_util.install モジュール)

L

load_yaml() (packmol_util.config.Config のクラスメソッド)

M

main() (packmol_util.install モジュール) make_atomic_mixture_recipe() (packmol_util.model モジュール) make_material_recipe() (packmol_util.model モジュール) make_tetrahedral_unit_fnc_pairs() (packmol_util.model モジュール) make_tetrahedral_unit_fnc_spec_from_ranges() (packmol_util.model モジュール) mass_density_from_number_density() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド) mass_density_g_cm3 (packmol_util.config.Config の属性) MaterialRecipe (packmol_util.model のクラス) minimum_separation (packmol_util.config.Config の属性)

module packmol_util packmol_util.builder packmol_util.config packmol_util.install packmol_util.model packmol_util.packmol packmol_util.packmol_inp packmol_util.param multiplier (packmol_util.builder.AmorphousBuilder のプロパティ)

N

N_tot (packmol_util.config.Config の属性) number (packmol_util.model.StructureSpec の属性)

number_density_A3 (packmol_util.config.Config の属性) number_density_from_mass_density() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

O

output_prefix (packmol_util.config.Config の属性)

P

packing_radii_by_atom_symbol (packmol_util.model.StructureSpec の属性) Packmol (packmol_util.packmol のクラス) packmol_bin (packmol_util.config.Config の属性) packmol_util module packmol_util.builder module packmol_util.config module packmol_util.install module

packmol_util.model module packmol_util.packmol module packmol_util.packmol_inp module packmol_util.param module PackmolInp (packmol_util.packmol_inp のクラス)

R

ratios (packmol_util.config.Config の属性) (packmol_util.model.MaterialRecipe の属性)

run_packmol() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

S

solve_packing_radii_from_pair_distances() (packmol_util.model モジュール) structures (packmol_util.model.MaterialRecipe の属性)

StructureSpec (packmol_util.model のクラス) symbols (packmol_util.model.MaterialRecipe の属性)

T

TetrahedralUnitFncSpec (packmol_util.model のクラス)

total_atom_count (packmol_util.model.MaterialRecipe の属性)

V

vertex_vertex_distance (packmol_util.model.TetrahedralUnitFncSpec の属性)

W

write() (packmol_util.packmol_inp.PackmolInp のメソッド) write_fnc_file() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド) write_single_atom_xyz() (packmol_util.model モジュール) (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)

write_tetrahedral_unit_xyz() (packmol_util.model モジュール) write_xyz_template() (packmol_util.model モジュール)

X

xyz_file (packmol_util.model.StructureSpec の属性)

xyz_to_poscar() (packmol_util.packmol.Packmol のメソッド)